山西师范大学教育科学研究院前身为“学科教育研究所”（简称“学科所”），于1996年8月成立。1998年经国务院学位委员会批准获课程与教学论硕士学位授权点。1999年7月，山西省确定“学科教育研究所”的“课程与教学论”为省级重点建设学科。2000年9月，山西师范大学批准“学科教育研究所”更名为“课程与教学研究所”（简称“课程所”），成为学校正式的独立研究所。2006年，山西师范大学进行教师教育改革，将“课程与教学研究所”更名为“教育科学研究院”（简称“教科院”），成为学校独立的二级学院。2016年9月山西基础教育质量提升协同创新中心并入教育科学研究院，实行一体化管理。